曲目　：

• 1. ムービーロゴ (0分17秒)

• 2. ミュウの影 (0分57秒)

• 3. 遠い記憶 (0分46秒)

• 4. 強大なエネルギー (1分46秒)

• 5. 強い者が勝つ! (2分13秒)

• 6. メインタイトル (0分45秒)

• 7. 少年サトシ (1分1秒)

• 8. バトルの予感 (0分37秒)

• 9. めざせポケモンマスター'98 (4分32秒)

• 10. 腹へったニャー (0分39秒)

• 11. メッセンジャーカイリュー (0分42秒)

• 12. ミュウツーからの招待状 (0分39秒)

• 13. 荒れはじめる海 (1分18秒)

• 14. いざ戦場へ (1分32秒)

• 15. 荒波の中へ (1分16秒)

• 16. 危機一髪 (1分21秒)

• 17. 謎の城 (1分40秒)

• 18. 風車とミュウ (0分40秒)

• 19. 戦士の休息A (1分4秒)

• 20. 戦士の休息B (0分21秒)

• 21. 最強のポケモン ミュウツー (0分47秒)

• 22. つきまとう影 (0分44秒)

• 23. 圧倒的な強さ (0分47秒)

• 24. 謎の研究 (1分43秒)

• 25. コピー軍団覚醒 (2分8秒)

• 26. 決戦の時 (1分46秒)

• 27. 負けられない (2分45秒)

• 28. 非情なるミュウツー (1分56秒)

• 29. 迫りくるモンスターボール (2分14秒)

• 30. 嵐の中 (0分58秒)

• 31. サトシの正義 (1分19秒)

• 32. ミュウ (1分39秒)

• 33. ミュウツーVSミュウ (0分51秒)

• 34. 本物VSコピー (2分28秒)

• 35. みんな生きている (5分23秒)

• 36. 涙の光 (6分17秒)

• 37. 明日へ (1分16秒)

• 38. ポケットモンスター縮めてポケモン (0分58秒)

• 39. 風といっしょに (4分58秒)

• 40. 幻の「ミュウ」 (0分43秒)

• 41. ミュウツーの目覚め (0分46秒)

• 42. 強者ミュウツー (1分7秒)

• 43. 逆襲のはじまり(オープニングタイトル) (0分36秒)

• 44. めざせポケモンマスター'98 (4分31秒)

• 45. ピカチュウあきらめないニャ (0分53秒)

• 46. FLYINGカイリュー (0分30秒)

• 47. メッセンジャー (0分41秒)

• 48. 嵐の予兆 (1分16秒)

• 49. ポケモン城へ出発! (0分53秒)

• 50. 嵐の海を (1分32秒)

• 51. ポケモン城 (1分4秒)

• 52. ロケット団につきまとう影 (1分14秒)

• 53. ミュウツー登場 (0分56秒)

• 54. コピーポケモン目覚める! (1分57秒)

• 55. 対決! 本物対コピーポケモン (2分5秒)

• 56. 乱れ飛ぶモンスターボール (1分54秒)

• 57. 危うし! ピカチュウ! (0分42秒)

• 58. サトシ戦いの決意 (1分18秒)

• 59. 本物とコピー! 強いのはどっちだ! (2分14秒)

• 60. 命あるもの (4分47秒)

• 61. 奇跡の涙 (3分36秒)

• 62. 希望の空へ (1分15秒)

• 63. 晴れゆく嵐 (0分57秒)

• 64. 風といっしょに (4分59秒)